Я так понимаю у Вас там стоит cPanel. Не обращайте внимания, при каждой добавке аддон домена, для него будет создаваться соответсвующий поддомен на базе главного.
Допустим у Вас гдавный домен domain.com и Вы добавили аддон домен addon.com с юзером addon, тогда будет создан соответствующий поддомен addon.domain.com.
В принципе его можно убрать вручную покопаясь в конфиге апача.. но оно того не стоит.. проблем может быть больше
