Конечно это зависит от мастерства админов. Можно так настроить, что все будет ОК, просто вот CentOS проще по моему для новичков, а вот CPanel.net говорит вот так:
We recommend using a Red Hat® Enterprise Linux® or CentOS operating system in order to ensure the best possible experience with our software.
Цитата из оф.сайта:
http://etwiki.cpanel.net/twiki/bin/v...tallationGuide