Честно признаюсь: я получал. Честно заплатил 40 МРОТ и
за лицензию больше ничего не платили.
При получении лицензии Минсвязи, собственно говоря, пофигу, один ли там сервер, кем он собран и т.д.
На момент получения лицензии у Вас вообще может не быть никакого сервера, вообще ничего.
"Официальный"-то порядок таков: сначала лицензия, потом начало строительства узла связи.
А вот получить разрешение Госсвязьнадзора на эксплуатацию - это да, это действительно долго, нудно и деньгами не ограничивается...