Итак пункт 3-й решен заменой:
  if ((dir_info.st_mode & S_IWOTH) || (dir_info.st_mode & S_IWGRP)) {
    log_err("error: directory is writable by others: (%s)\n", cwd);
    exit(116);
  }
на:
  if (dir_info.st_mode & S_IWOTH)) {
    log_err("error: directory is writable by others: (%s)\n", cwd);
    exit(116);
  }
2-й пункт в решении 

1-й пункт пытался решить так: в стандартном /usr/local/etc/rc.d/apache.sh есть вот такая строка:
start_precmd="`/usr/bin/limits -e -U www`"
заменил на:
start_precmd="`/usr/bin/limits -e -U www;/usr/bin/umask 002`"
не помогло 
