Да, нагрузка возрастает, но не настолько драматично как об этом многие говорят. Насчет неверных прав это решаемо либо через umask пользователю или глобально либо в худшем случае (если совсем уж никак не получается) гонять проверку через крон. Насчет того что не работает http authentication - ерунда полная, все превосходно работает. Хотя может и не работать если кривые руки и неправильно настроен php.ini. У меня в данный момент 11 серверов, все переведены на suphp, и нет никаких нареканий от пользователей.