Лучше сразу регистрировать компанию ООО , т.к разница заключается только в уставном капитале и в некоторых вопросах налогообложения .
Перерегистрация с ПБОЮЛ на ООО достаточно проблемный процесс.
И надо понимать что-то не одна юридическая компания не отвечает по проблемам , которые могут возникнуть , даже если , они производили консультации и регистрацию компании для Вас.