1. проверить SQL запросы, проанализировать их и т.п. возможно расставить или убрать индексы (не забывайте что в некоторых случаях лишний индекс замедляет работу базы).
2. вставить во все скрипты код, засекающий время выполнения скрипта и ведущий статистику с целью выявления медленных скриптов для их дальнейшей оптимизации.
3. изучить настройки mysql, php и апача, возможно где-то что-то мешает работать на полную силу.
4. проверить с какой скоростью работает жесткий диск, не перегружен ли.
5. не сильно ли свопится система? Возможно просто не хватает памяти.
6. обратиться к специалистам.
