Это случилось со мной...
Описываю свою ситуацию. Есть у меня 3 сайта. Есть 3 компьютера с которых я выхожу в сеть. На 2-х компах стоит др. веб, на третьем нет ничего. У меня взломали 2 сайта (вставили <iframe> )причем эти 2 сайта я обновлял по FTP с 3-его компьютера, где я потом нашел кучу вирусов и троянов. 3-ий сайт, который я обновляю с первых двух не зараженных компьютеров остался не тронутым. Все они расположены на одном сервере. Из чего я сделал вывод: пароли воруют трояном, иначе бы вставку сделали ди бы на все 3 сайта.