Неправда все это.
1) Лучше всего - PHP+MySQL - никаких проблем, работает быстрее в разы, и есть все!
2) В CuteFTP есть chmod
3) Но я все делаю через FAR - Best!!!!
4) Когда аплоудишь скрипты на сервер ставь ASCii mode
5) Потом выбираешь файл, ctrl-a, rwx- rx - rx и все работает!!!
Не работает - читаешь readme - как правило, помогает...
