Все решилось. Вкратце опишу в чем проблема была, может пригодится кому.
1
Вобщем все дело было в файрволе в котором я когдато давно заблокировал всякие соединения апача. Потому, как ЦГИ пхп работал с Мисклом, а как модуль апача(по TCP) - нет.
Это относится и к мод_перлу.
2
Вылечилось путем перезаписи поверх старых файлов-модулей перла, новыми:
/usr/lib/perl5/5.6.0/i386-linux/* -> /usr/local/psa/apache/lib/perl/site_perl/5.005/i386-linux/