Ну так ikonboard это же cgi-форум
Пока вам не нужен импорт/экспорт и смена типа базы - борда идеальная (v.3.02), как только потребуются вышеозначенные вещи, столкнетесь с проблемами, которые обещают решить в версии 3.03.
Ну и напоследок: cgi и php между собой сравнивать нельзя, потому что cgi - есть интерфейс, а php - уже почти язык программирования. Это все равно, что сравнивать яблоко с лопатой. php тоже может запускается через cgi, а может и как модуль web-сервера. Если вы имели ввиду Perl (на кот. написана ikonboard), то и он запускается как cgi, а может и как модуль Apache
Так что, никакой особой разницы нет, берите то, что нравится.