Chroot, конечно, панацея от многих бед. Причем безальтернативная. Но много мороки с настройками.
А почему perl/cgi не нужны? Или перл в чрут запихнуть не получается? Знакомая картина, на эти грабли тоже наступал
Делюсь следующими соображениями:
1. Мод_перл - это СМЕРТЬ для сервера, в качестве альтернативы обычному не годится.
2. ПХП модулем - то же. Как cgi - медленно, но верно.
3. Патч Котерова - дырявая ловушка. Читайте последние номера phpinside.net/.